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变体Hhip1蛋白及其方法和用途Dogecoin - An open-source peer-to-er digital currency的制作方法

作者:小编2025-02-12 10:37:17

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变体Hhip1蛋白及其方法和用途Dogecoin - An open-source peer-to-peer digital currency的制作方法

  5的基序,提示Ptch和Hhipl竞争对Shh假活性位点的结合。这会解释由Hhipl进行的负调 节,即作为Shh的结构诱饵,阻止Ptch结合和途径活化。该数据还帮助了解与人类疾病有 联系的Hh蛋白中假活性位点之中和附近的突变的影响(Dubourg et al. (2004) ;Gao and He (2004))。总之,该数据容许我们提出经受体相互作用对Hh活性的调节的模型,并提示开 发Hh信号传导拮抗剂的新办法。如此,本说明书描述一种Hedgehog相互作用蛋白(Hhipl)变体,其缺少推定的卷 曲结构域,在本文中称作Hhipl012”及其晶体结构。令人惊讶地发现该Hhipl012蛋白提供 稳定性升高同时完全维持Hh抑制性活性的Hhipl012蛋白。如此,已经解析Hhipl012的晶体 结构,而且已经分析与Hh和其它蛋白质诸如Ptch的相互作用。Hhipl012含有与Hh和Ptch 相互作用的关键氨基酸,容许设计相互作用分子,诸如例如多肽激动剂和拮抗剂、免疫粘附 素、抗体、和小分子抑制剂和激动剂。因而,在本发明的一个实施方案中,本发明提供一种分离的核酸分子,其具有编码 Hhipl012多肽或其生物学活性片段(统称Hhipl012多肽”)的核苷酸序列。在某些方面,该分离的核酸分子包含与编码(a)全长Hhipl012多肽;(b)具有本 文公开的氨基酸序列的Hhipl012胞外结构域(ECD)多肽(HhiplM2ECD)(即也缺乏推定 GPI锚信号序列的Hhipl012) ; (c)具有本文公开的氨基酸序列的Hhipl01多肽(即缺乏信号 肽、推定Fz结构域、EGF2结构域、和推定GPI锚信号序列);(d)具有本文公开的氨基酸序 列的Hhip10多肽(即缺乏信号肽、推定Fz结构域、EGF结构域、和推定GPI锚信号序列); (e) Hhiplpz0多肽(即缺乏信号肽、EGF结构域、和推定GPI锚信号序列);(f) Hhiplpz多肽 (即缺乏信号肽、螺旋桨(propeller)结构域、EGFR结构域、和推定GPI锚信号序列);或本 文公开的全长Hhipl多肽氨基酸序列的任何其它具体限定片段的DNA分子,或任何上述DNA 分子的互补物具有至少约80%核酸序列同一性,或者至少约81 %,82%,83 %,84%,85 %, 86 %,87 %,88 %,89 %,90 %,91 %,92 %,93 %,94 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 % 或 100 % 核酸序列同一性的核苷酸序列。本发明的另一个方面提供一种分离的核酸分子,其包含编码推定GPI信号序列或 被删除或被灭活的Hhipl多肽的核苷酸序列或与此类编码核苷酸序列互补的核苷酸序列, 其中本文公开了此类多肽的推定GPI信号序列。因此,本文还涵盖本文中描述的Hhipl多 肽的可溶性胞外结构域。在其它方面,本发明致力于分离的核酸分子,其与如下的核苷酸序列杂交(a)编 码具有本文公开的全长氨基酸序列的Hhipl多肽、本文公开的缺乏信号肽的Hhipl多肽氨 基酸序列、本文公开的Hhipl012氨基酸序列、本文公开的Hhipl012多肽胞外结构域或本文 公开的全长Hhipl多肽氨基酸序列的任何其它具体限定片段的核苷酸序列,或(b) (a)的核 苷酸序列的互补物。在这点上,本发明的一个实施方案致力于全长Hhipl多肽编码序列的 片段或其互补物,如本文公开的,其可以用作例如杂交探针用作例如诊断探针、PCR引物、反 义寡核苷酸探针、或用于编码全长Hhipl多肽的片段,该片段可任选编码包含抗Hip多肽抗 体、Hhipl012结合寡肽(激动剂或拮抗剂)或结合Hhipl012多肽的其它有机小分子(激动 剂或拮抗剂)的结合位点的多肽。此类核酸片段通常长至少约5个核苷酸,或者长至少约 6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,35,40, 45,50,55,60,65,70,75,80,85,90,95,100,105,110,115,120,125,130,135,140,145,150,155,160,165,170,175,180,185,190,195,200,210,220,230,240,250,260,270,280,290, 300,310,320,330,340,350,360,370,380,390,400,410,420,430,440,450,460,470,480, 490,500,510,520,530,540,550,560,570,580,590,600,610,620,630,640,650,660,670, 680,690,700,710,720,730,740,750,760,770,780,790,800,810,820,830,840,850,860, 870,880,890,900,910,920,930,940,950,960,970,980,990,或 1000 个核苷酸,其中在此 语境中术语“约”意味着所述核苷酸序列长度加上或减去该所述长度的10%。此外,此类 核酸片段通常由自Hhipl多肽的全长编码序列或其互补物衍生的连续核苷酸构成。注意到 Hhipl012多肽编码核苷酸序列的新片段或其互补物可以以例行方式来确定,即使用多种公 知的序列比对程序之一比对Hhipl012多肽编码核苷酸序列与其它已知核苷酸序列,并确定 哪些Hhipl012多肽编码核苷酸序列片段或其互补物是新的。本文涵盖Hhipl012多肽编码 核苷酸序列的所有此类新片段或其互补物。还涵盖由这些核苷酸分子片段编码的Hhipl多 肽片段,优选那些包含抗Hhipl012抗体、Hhipl012结合寡肽或结合Hhipl012多肽的其它有 机小分子的结合位点的Hhipl多肽片段,和结合Hh的Hhipl012多肽。在另一个实施方案中,本发明提供分离的Hhipl多肽,其由上文鉴定的任何分离 的核酸序列编码。在某一个方面,本发明关注一种分离的Hhipl012多肽,其包含与具有本文公开的 全长氨基酸序列的Hhipl012多肽、由本文公开的任何核酸序列编码的氨基酸序列或本文公 开的全长Hhipl多肽氨基酸序列的任何其它具体限定片段具有至少约80%氨基酸序列同 一性,或者至少约 81 %,82 %,83 %,84 %,85 %,86 %,87 %,88 %,89 %,90 %,91 %,92 %, 93%,94%,95%,96%,97%,98%,99%或100%氨基酸序列同一性的氨基酸序列。在又一个方面,本发明关注一种分离的Hhipl多肽,其包含由与如下DNA分子的 互补物杂交的核苷酸序列编码的氨基酸序列,所述DNA分子编码(a)具有本文公开的全长 Hhipl012氨基酸序列的Hhipl012多肽,(b)本文公开的Hhipl012多肽蛋白质的胞外结构域, (c)由本文公开的任何核酸序列编码的氨基酸序列或(d)本文公开的全长Hhipl012多肽氨 基酸序列的任何其它具体限定片段。在一个具体的方面,本发明提供一种分离的Hhipl012多肽、一种分离的 HhiplM2Em、一种分离的Hip01多肽、一种分离的Hip0 (均由编码本文描述的氨基酸序列 的核苷酸序列编码)。本文还描述了用于生产该多肽的方法,其中那些方法包括在适合于 Hhipl012多肽表达的条件下培养包含如下载体的宿主细胞,该载体包含适宜的编码核酸分 子,并自细胞培养物回收Hhipl多肽。本发明的另一个方面提供一种分离的Hhipl012E⑶多肽。本文还描述了用于生产 该多肽的方法,其中那些方法包括在适合于Hhipl012多肽表达的条件下培养包含如下载体 的宿主细胞,该载体包含适宜的编码核酸分子,并自细胞培养物回收Hhipl012多肽。在本发明的其它实施方案中,本发明提供包含编码任何本文描述的多肽的DNA的 载体。还提供包含任何此类载体的宿主细胞。举例而言,该宿主细胞可以是哺乳动物细胞、 CHO细胞、昆虫细胞、大肠杆菌i)细胞、或酵母细胞。进一步提供一种用于生产任何 本文描述的多肽的方法,其包括在适合于期望多肽表达的条件下培养宿主细胞并自细胞培 养物回收期望多肽。在其它实施方案中,本发明提供分离的嵌合多肽,其包含融合至异源(非Hip)多肽的任何本文描述的Hhipl012多肽(包括例如HhiplM2、HipM、Hipe、和HhiplFz0)。此类 嵌合分子的例子包含融合至异源多肽诸如例如表位标签序列或免疫球蛋白Fc区的任何本 文描述的Hhipl012多肽。在另一个实施方案中,本发明提供结合(优选特异性地结合)任何上文或下文描 述的多肽的抗体。任选的是,该抗体是单克隆抗体、抗体片段、嵌合抗体、人源化抗体、单链 抗体或竞争性抑制抗Hhipl012多肽抗体结合其相应抗原性表位的抗体。本发明的抗体可任 选偶联至生长抑制剂或细胞毒剂诸如毒素(例如美登木素生物碱或加利车霉素)、抗生素、 放射性同位素、溶核酶、等等。本发明的抗体可任选在CHO细胞或细菌细胞中生产,而且优 选抑制它们结合的细胞生长或增殖或诱导它们结合的细胞死亡。对于诊断目的,本发明的 抗体可以被可检测标记、附着至固体支持物、或诸如此类。在一些实施方案中,本发明的抗体干扰Hh与Hhipl或Hh与Ptch之间的相互作用。 在一些实施方案中,该抗体不同于5E1。在其它实施方案中,该抗体刺激Hh信号传导。在本发明的其它实施方案中,本发明提供包含编码任何本文描述的抗体的DNA的 载体。还提供包含任何此类载体的宿主细胞。举例而言,该宿主细胞可以是CHO细胞、大肠 杆菌细胞、或酵母细胞。进一步提供一种用于生产任何本文描述的抗体的方法,其包括在适 合于期望抗体表达的条件下培养宿主细胞并自细胞培养物回收期望抗体。在一些实施方案中,该寡肽干扰Hh与Hhip或Ptch之间的相互作用。在其它实施 方案中,该寡肽提供结合Ptch来刺激Hh信号传导。在另一个实施方案中,本发明提供结合(优选特异性地结合)任何描述的 Hhipl012多肽的寡肽(Hhipl012结合寡肽”)。任选的是,本发明的Hhipl012结合寡肽可 偶联至生长抑制剂或细胞毒剂诸如毒素(例如美登木素生物碱或加利车霉素)、抗生素、放 射性同位素、溶核酶、等等。本发明的Hhipl012结合寡肽可任选在CHO细胞或细菌细胞中生 产,而且优选抑制它们结合的细胞生长或增殖或诱导它们结合的细胞死亡。对于诊断目的, 本发明的Hhipl012结合寡肽可以被可检测标记、附着至固体支持物、或诸如此类。在另一个实施方案中,本发明提供结合(优选特异性地)结合Hh多肽的寡肽 (Hhipl L2环模拟寡肽”)。任选的是,本发明的Hhipl L2环模拟寡肽可偶联至生长抑制 剂或细胞毒剂诸如毒素(例如美登木素生物碱或加利车霉素)、抗生素、放射性同位素、溶 核酶、等等。本发明的Hhipl L2环模拟寡肽可任选在CHO细胞或细菌细胞中生产,而且优 选抑制它们结合的细胞生长或增殖或诱导它们结合的细胞死亡。对于诊断目的,本发明的 Hhipl L2环模拟寡肽可以被可检测标记、附着至固体支持物、或诸如此类。在本发明的其它实施方案中,本发明提供包含编码任何本文描述的Hhipl012结合 寡肽和Hhipl L2环模拟寡肽的DNA的载体。还提供包含此类载体的宿主细胞。举例而言, 该宿主细胞可以是CHO细胞、大肠杆菌细胞、或酵母细胞。进一步提供一种用于生产任何本 文描述的Hhipl012结合和HhiplL2环模拟寡肽的方法,其包括在适合于期望寡肽表达的条 件下培养宿主细胞并自细胞培养物回收期望寡肽。在另一个实施方案中,本发明提供结合(优选特异性地结合)任何上文或下文描 述的Hhipl012多肽的有机小分子(“他丨?1012结合有机分子”)。任选的是,本发明的Hhipl012 结合有机分子可偶联至生长抑制剂或细胞毒剂诸如毒素(例如美登木素生物碱或加利车 霉素)、抗生素、放射性同位素、溶核酶、等等。本发明的Hhipl012结合有机分子优选抑制它们结合的细胞生长或增殖或诱导它们结合的细胞死亡。对于诊断目的,本发明的Hhipl012 结合有机分子可以被可检测标记、附着至固体支持物、或诸如此类。在一些实施方案中,该有机小分子干扰Hh与Hhip或Ptch之间的相互作用。 在一些实施方案中,该小分子不同于robotnikinin(Stanton et al. (2009)Nat. Chem Biol. 5 (3) 154-156) 0在其它实施方案中,该小分子刺激Hh信号传导。在又一个实施方案中,本发明提供结合(优选特异性地)Hh多肽的有机小分子 (Hhipl L2环模拟有机分子”)。任选的是,本发明的Hhipl L2环模拟有机分子可偶联至 生长抑制剂或细胞毒剂诸如毒素(例如美登木素生物碱或加利车霉素)、抗生素、放射性同 位素、溶核酶、等等。本发明的Hhipl L2环模拟有机分子优选抑制它们结合的细胞生长或 增殖或诱导它们结合的细胞死亡。对于诊断目的,本发明的Hhipl L2环模拟有机分子可以 被可检测标记、附着至固体支持物、或诸如此类。在又一个实施方案中,本发明关注一种组合物,其包含与载体组合的本文描述的 Hhipl012多肽、本文描述的嵌合Hhipl012多肽、本文描述的抗Hhipl012抗体、本文描述的 Hhipl 012结合寡肽、本文描述的Hhipl L2环模拟寡肽、本文描述的Hhipl 012结合有机分子、 或本文描述的Hhipl L2环模拟有机分子。任选的是,该载体是药学可接受载体。在又一个实施方案中,本发明关注一种制品,其包含容器和装在该容器内的组合 物,其中该组合物可包含本文描述的Hhipl012S肽或其衍生物、本文描述的嵌合Hhipl012 多肽或其衍生物、本文描述的抗Hhipl012抗体、本文描述的Hhipl012结合寡肽、或本文描述 的Hhipl012结合有机分子。该制品可进一步任选包含附着于该容器的标签或与该容器一起 包括的包装插页,其指明该组合物用于治疗性处理或诊断性检测肿瘤的用途。本发明的另一个实施方案致力于本文描述的Hhipl多肽、本文描述的嵌合Hhipl 多肽、本文描述的抗Hhipl多肽抗体、本文描述的Hhipl012结合寡肽、本文描述的Hhipl L2 环模拟寡肽、本文描述的Hhipl012结合有机分子、或本文描述的Hhipl L2环模拟有机分子 用于制备在治疗对Hh信号传导有响应的状况中有用的药物的用途。B.另外的实施方案本发明的另一个实施方案致力于用于抑制表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞生 长的方法,其中该方法包括使所述细胞与结合所述Hhipl012和/或Ptch多肽的抗体、寡肽 或有机小分子接触,且其中所述抗体、寡肽或有机小分子与所述Hhipl和/或Ptch多肽的 结合引起所述表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞的生长抑制。在优选的实施方案中,所述 细胞是癌细胞,且所述抗体、寡肽或有机分子与所述Hhipl和/或Ptch多肽的结合引起表 达所述Hhipl和/或Ptch多肽的所述细胞死亡。任选的是,所述抗体是单克隆抗体、抗体 片段、嵌合抗体、人源化抗体、或单链抗体。本发明方法中所采用的抗体、Hhipl012 L2环结 合寡肽和Hhipl012 L2环结合有机分子可任选偶联生长抑制剂或细胞毒剂诸如毒素包括例 如美登木素生物碱或加利车霉素、抗生素、放射性同位素、溶核酶或诸如此类。本发明方法 中所采用的抗体和Hhipl012 L2环结合寡肽可任选在CHO细胞或细菌细胞中产生。本发明的又一个实施方案致力于治疗性处理具有癌性肿瘤的哺乳动物的方法,所 述癌性肿瘤包含表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞,其中该方法包括给所述哺乳动物施用 治疗有效量的结合所述Hhipl和/或Ptch多肽的抗Hhipl012抗体、Hhipl012 L2环结合寡 肽或Hhipl012 L2环结合有机小分子拮抗剂,由此所述肿瘤得到有效的治疗性处理。任选的是,所述抗体是单克隆抗体、抗体片段、嵌合抗体、人源化抗体或单链抗体。本发明方法中所 采用的抗体、Hhipl e 12 L2环结合寡肽和Hhipl e 12结合有机分子可任选偶联生长抑制剂或细 胞毒剂诸如毒素包括例如美登木素生物碱或加利车霉素、抗生素、放射性同位素、溶核酶或 诸如此类。本发明方法中所采用的抗体和寡肽可任选在CHO细胞或细菌细胞中产生。本发明的又一个实施方案致力于测定怀疑含有Hhipl和/或Ptch多肽的样品 中该Hhipl和/或Ptch多肽的存在的方法,其中该方法包括使所述样品暴露于结合所述 Hhipl和/或Ptch多肽的抗体、寡肽或有机小分子,并测定所述样品中所述抗体、寡肽或有 机小分子与所述Hhipl和/或Ptch多肽的结合,其中此类结合的存在表明所述样品中存在 所述Hhipl和/或Ptch多肽。任选的是,所述样品可包括怀疑表达Hhipl和/或Ptch多肽 的细胞(可以是癌细胞)。本发明方法中所采用的抗体、Hhipl012 L2环结合寡肽或Hhipl012 L2环结合有机分子可以任选被可检测标记、附着于固体支持物、或诸如此类。本发明的又一个实施方案致力于诊断哺乳动物中肿瘤的存在的方法,其中该方法 包括检测(a)从所述哺乳动物获得的组织细胞的测试样品中和(b)相同组织来源或类型的 已知正常非癌性细胞的对照样品中编码Hhipl多肽的基因的表达水平,其中所述Hhipl多 肽在测试样品中的表达水平高于对照样品表明获取该测试样品的哺乳动物中存在肿瘤。用 于此类测定法的探针衍生自Hhipl012编码核酸。本发明的又一个实施方案致力于诊断哺乳动物中肿瘤的存在的方法,其中该方法 包括(a)使包含从所述哺乳动物获得的组织细胞的测试样品接触结合Hhipl和/或Ptch 多肽的抗Hhipl012抗体、Hhipl012 L2环结合寡肽或Hhipl M2L2环结合有机小分子,并(b) 检测所述测试样品中所述抗体、寡肽或有机小分子和所述Hhipl和/或Ptch多肽之间复合 物的形成,其中所述复合物的形成表明所述哺乳动物中存在肿瘤。任选的是,所采用的抗 体、Hhipl012 L2环结合寡肽、或Hhipl012 L2环结合有机分子被可检测标记、附着于固体支 持物、或诸如此类,和/或所述组织细胞的测试样品是从怀疑具有癌性肿瘤的个体获得的。本发明的又一个实施方案致力于治疗或预防与改变的,优选提高的Hhipl和/或 Ptch多肽表达或提高的Hhipl和/或Ptch多肽活性有关的细胞增殖性病症(病症)的 方法,该方法包括给需要此类治疗的受试者施用有效量的Hhipl和/或Ptch多肽的拮抗 剂。优选的是,所述细胞增殖性病症是癌症,且所述Hhipl和/或Ptch多肽的拮抗剂是抗 Hhipl012多肽抗体、Hhipl012 L2环结合寡肽、Hhipl012 L2环结合有机分子或反义寡核苷酸。 细胞增殖性病症的有效治疗或预防可以是直接杀死表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞或 抑制其生长的结果,或者通过拮抗Hhipl和/或Ptch多肽的细胞生长促进活性。本发明的又一个实施方案致力于使抗Hhipl012抗体、Hhipl012 L2环结合寡肽或 Hhipl012 L2环结合有机小分子与表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞结合的方法,其中该 方法包括在适于所述抗体、寡肽或有机小分子与所述Hhipl和/或Ptch多肽结合的条件下 使表达Hhipl和/或Ptch多肽的细胞接触所述抗体、寡肽或有机小分子,并容许它们之间 的结合。在优选的实施方案中,所述抗体用可定性和/或定量测定所述抗体、寡肽或有机小 分子结合所述细胞的位置和/或量的分子或化合物标记。本发明的其它实施方案致力于(a)Hhipl012多肽、(b)编码Hhipl012多肽的核酸 或包含该核酸的载体或宿主细胞、(c)抗Hhipl012多肽抗体、(d)HhiplM2L2环结合寡肽、或 (e)Hhipl012 L2环结合有机小分子在制备可用于(i)癌症或肿瘤的治疗性处理或诊断性检测或(ii)细胞增殖性病症(病症)的治疗性处理或预防的药物中的用途。阅读本说明书后,本发明的其它实施方案对于熟练技术人员而言会是显而易见 的。本发明的简要声明1. 一种分离的核酸,其具有与编码SEQ ID NO :11,12,13,14,15,16任一氨基酸序 列的DNA分子具有至少80%核酸序列同一性的核苷酸序列或其互补物。2. 一种分离的核酸,其具有编码SEQ ID NO :11,12,13,14,15,16任一所示氨基酸 序列的核苷酸序列或其互补物。3. 一种表达载体,其包含项1或2的核酸。4.项3的表达载体,其中所述核酸可操作连接至受到经该载体转化的宿主细胞识 别的调控序列。5. 一种宿主细胞,其包含项3的表达载体。6.项5的宿主细胞,其是CHO细胞、大肠杆菌细胞或酵母细胞。7. 一种用于生产多肽的方法,包括在适合于所述多肽表达的条件下培养项5的宿 主细胞并自该细胞培养物回收所述多肽。8. 一种分离的多肽,其与具有SEQ ID NO :11,12,13,14,15,16任一氨基酸序列的

  27.项26的寡肽,其中该毒素选自下组美登木素生物碱和加利车霉素。28.项26的寡肽,其中该毒素是美登木素生物碱。29.项21的寡肽,其诱导与其结合的细胞死亡。30.项21的寡肽,其被可检测标记。31. 一种有机小分子,其包含结合Hhipl或Ptch蛋白的L2环的化合物,其中所述 分子抑制Hh多肽结合Hhipl或Ptch。32.项31的小分子,其中所述小分子不同于robotnikinin。33. 一种有机小分子,其包含模拟Hhipl或Ptch蛋白的L2环的化合物,其中所述 分子结合Hh多肽且抑制Hh信号传导。34. 一种有机小分子,其包含结合Ptch蛋白的L2环且激动Hh信号传导的化合物。35. 一种组合物,其包含与药学可接受载体组合的(a)项8的多肽;(b)项9的多肽;(c)项10的嵌合多肽;(f)项12的寡肽;(g)项21的寡肽;(h)项31的有机分子;⑴项32的有机分子;(j)项33的有机分子;或(k)项34的有机分子。36. —种制品,其包含(a)容器;和(b)装在所述容器内的项35的组合物。37.项36的制品,其进一步包含附着于所述容器的标签或与所述容器一起包括的 包装插页,其指明所述组合物用于治疗性处理或诊断性检测癌症的用途。38. 一种抑制表达Hhipl或Ptch的细胞生长的方法,其包括使所述细胞接触结合 所述Hhipl或Ptch的寡肽或有机分子,由此所述寡肽或有机分子对所述Hhipl或Ptch的 结合引起对所述细胞生长的抑制。39.项38的方法,其中所述寡肽或有机分子偶联至生长抑制剂。40.项38的方法,其中所述寡肽或有机分子偶联至细胞毒剂。41.项40的方法,其中所述细胞毒剂选自下组毒素、抗生素、放射性同位素和溶 核酶。42.项40的方法,其中该细胞毒剂是毒素。43.项42的方法,其中该毒素选自下组美登木素生物碱和加利车霉素。44.项42的方法,其中该毒素是美登木素生物碱。45.项38的方法,其中所述细胞是癌细胞。46.项45的方法,其中使所述癌细胞进一步暴露于放射处理或化疗剂。47.项45的方法,其中所述癌细胞选自下组乳腺癌细胞、结肠直肠癌细胞、肺癌 细胞、卵巢癌细胞、中枢神经系统癌细胞、肝癌细胞、膀胱癌细胞、胰腺癌细胞、宫颈癌细胞、黑素瘤细胞和白血病细胞。48.项45的方法,其中所述癌细胞与相同组织来源的正常细胞相比更大量的表达 所述蛋白质。49.项38的方法,其引起所述细胞死亡。50. 一种治疗性处理具有癌性肿瘤的哺乳动物的方法,其中所述癌性肿瘤包含 表达Hhipl或Ptch蛋白的细胞,所述方法包括对需要此类处理的受试者施用有效量的 Hhipl012 L2环结合抗体、Hhipl012 L2环抗独特型抗体、Hhipl012结合寡肽、Hhipl012结合 有机分子、Hhipl012 L2环模拟寡肽、Hhipl012 L2环模拟有机分子,由此有效处理所述哺乳 动物。51.项50的方法,其中所述抗体、寡肽或有机分子偶联至生长抑制剂。52.项50的方法,其中所述抗体、寡肽或有机分子偶联至细胞毒剂。53.项52的方法,其中该细胞毒剂选自下组毒素、抗生素、放射性同位素和溶核酶。54.项52的方法,其中该细胞毒剂是毒素。55.项54的方法,其中该毒素选自下组美登木素生物碱和加利车霉素。56.项54的方法,其中该毒素是美登木素生物碱。57.项50的方法,其中使所述肿瘤进一步暴露于放射处理或化疗剂。58.项50的方法,其中所述肿瘤是乳腺肿瘤、结肠直肠肿瘤、肺肿瘤、卵巢肿瘤、中 枢神经系统肿瘤、肝肿瘤、膀胱肿瘤、胰腺肿瘤、或宫颈肿瘤。59.项50的方法,其中所述肿瘤的癌性细胞与相同组织来源的正常细胞相比更大 量的表达所述蛋白质。60. 一种用于在表达Hhip 1或Ptch蛋白的细胞中治疗或预防细胞增殖性病症的方 法,所述方法包括对需要此类处理的受试者施用有效量的Hhipl M2L2环结合抗体、Hhipl012 L2环抗独特型抗体、Hhipl012结合寡肽、Hhipl012结合有机分子、Hhipl012 L2环模拟寡肽、 Hhipl012 L2环模拟有机分子,由此有效治疗或预防所述细胞增殖性病症。61.项60的方法,其中所述细胞增殖性病症是癌症。62. 一种抑制细胞生长的方法,其包括对表达Ptch或Hhipl的细胞施用有效量的 Hhipl012 L2环结合抗体或Hhipl012 L2环抗独特型抗体。63.项62的方法,其中所述抗体是单克隆抗体。64.项62的方法,其中所述抗体是抗体片段。65.项62的方法,其中所述抗体是嵌合或人源化抗体。66.项62的方法,其中所述抗体、寡肽或有机分子偶联至生长抑制剂。67.项62的方法,其中所述抗体、寡肽或有机分子偶联至细胞毒剂。68.项67的方法,其中所述细胞毒剂选自下组毒素、抗生素、放射性同位素和溶 核酶。69.项67的方法,其中该细胞毒剂是毒素。70.项69的方法,其中该毒素选自下组美登木素生物碱和加利车霉素。71.项69的方法,其中该毒素是美登木素生物碱。72.项62的方法,其中所述抗体在细菌中产生。

  73.项62的方法,其中所述抗体在CHO细胞中产生。74.项62的方法,其中所述细胞是癌细胞。75.项74的方法,其中使所述癌细胞进一步暴露于放射处理或化疗剂。76.项74的方法,其中所述癌细胞选自下组乳腺癌细胞、结肠直肠癌细胞、肺癌 细胞、卵巢癌细胞、中枢神经系统癌细胞、肝癌细胞、膀胱癌细胞、胰腺癌细胞、宫颈癌细胞、 黑素瘤细胞和白血病细胞。77.项75的方法,其中所述癌细胞与相同组织来源的正常细胞相比更大量的表达 所述蛋白质。78.项62的方法,其引起所述细胞死亡。79.项12-30任一项要求保护的寡肽在制备用于治疗性处理癌症的药物中的用途。80.项12-30任一项要求保护的寡肽在制备用于治疗或预防细胞增殖性病症的药 物中的用途。81. 一种抗 Hip L2 环抗体。82. 一种抗独特型Hhipl L2环抗体。83. 一种抗 Ptch L2 环抗体。84. 一种抗独特型Ptch L2环抗体。85.项81-84任一项要求保护的抗体在制备用于治疗性处理癌症的药物中的用 途。86.项81-84任一项要求保护的抗体在制备用于处理肿瘤的药物中的用途。87.项81-84任一项要求保护的抗体在制备用于治疗或预防细胞增殖性病症的药 物中的用途。88.项31的Hhipl012结合有机分子在制备用于治疗性处理或诊断性检测癌症的 药物中的用途。89.项31的Hhipl012结合有机分子在制备用于处理肿瘤的药物中的用途。90.项31的Hhipl012结合有机分子在制备用于治疗或预防细胞增殖性病症的药 物中的用途。91.项33的Hhipl L2环模拟有机分子在制备用于治疗性处理癌症的药物中的用途。92.项33的Hhipl L2环模拟有机分子在制备用于处理肿瘤的药物中的用途。93.项33的Hhipl L2环模拟有机分子在制备用于治疗或预防细胞增殖性病症的 药物中的用途。94.项34的组合物在制备用于治疗性处理癌症的药物中的用途。

  图11)和所列Ptch序列的比对而生成的;为了简 要,只显示人Hhipl。随意选择Hhipl的D383作为位置0。特别重要的残基以星号标示。 使用WebLogo (URL地址为weblogo. berkeley. edu)创建图。小图C显示Hip01结合Shh的 Hhipl-L2肽竞争ELISA。将数据拟合至4参数方程,自其推导IC5tl ;小图D显示Shh单独的(灰色)和在过量未标记Hip-L2肽存在下的(黑色)15N,1H-HSQC谱;小图E显示与小图D 相同,只是使用Ptch_L2肽。图6显示导致途径调节的Shh-受体复合物的模型。当Hh途径有活性时,膜结合 的Shh与Cdon和Ptch形成多聚体复合物,解除对Smo的抑制。这导致活性形式的Gli移 位至核,启动Hh靶基因的转录。Ptch结合Shh有可能会涉及Ptch L2等效环与Shh含Zn2+ 沟之间的相互作用。图7显示与图6相同的途径,只是当Hh信号传导受到Hhipl抑制时,Hhipl通过 占据Shh上的含Zn2+沟来作为Ptch的结构诱饵受体起作用。Hhipl、Cdon和Shh形成稳定 的三元复合物,剩下Ptch来遏制Smo和抑制信号传导。从而,Gli被蛋白酶体加工成转录 阻抑物,导致对Hh靶基因转录的抑制。FN和Ig分别代表Cdon的III型纤连蛋白(FNIII) 和Ig样结构域。图8显示HhiplM2与Dhh、Ihh和Shh的竞争结合ELISA。小图A 以ELISA格式 显示生物素化ShhN_Cys与未标记的Dhh、Ihh和Shh之间对固定化的Hip012的竞争性结合, 其中为Dhh(〇)、Ihh( ■)和Shh( )显示数据和曲线nM。所画的线参数方程,自其推导IC5tl ;小图B :Shh、Dhh和Ihh的序列 比对。与Hhipl接触的残基以星号标示。为Ihh还标示与Ca2+(A)和Ζη2+(·)阳离子配 位的残基以及涉及短指/趾Al型的残基( )。5Ε1表位定位至人Shhli2的Serl77 (·), 而且受到5E1保护免于胰蛋白酶消化的Shh肽标有下划线对 Dhh的亲和力比Ihh或Shh低而推定的延长表位。图9显示β -螺旋桨与EGFl之间的结合的性质。小图A : β -螺旋桨(作为具有 静电特性的表面显示,阳性为浅灰色而阴性为深灰色)与EGFl (卡通表象,以线和带显示) 之间的结合;小图B:显示小图A旋转90°的视图。图10显示通过生物层干扰测定术测量的在EDTA缺失和存在下Hip01对生物素化 ShhN_Cys的结合。小图A 在IOmM EDTA缺失和存在下四种不同浓度的HipM(l. 2、1. 0、0. 8和 0.6 μ Μ)的传感图结合曲线;小图B :Shh单独的和在IOmM EDTA存在下的15N, 1H-HSQC谱; 小图C 显示来自Hip-Shh复合物结构的人Shh (浅灰色),在果蝇Hh (深灰色,PDB登录号 2IBG,残基49-196)上重合。Zn2+阳离子只存在于Shh中,而且作为灰色球体显示。为了清 楚,Ca2+阳离子从Shh结构中省略掉。重叠的rmsd为0.6入;小图D 显示人Shh和果蝇Hh 结构的特写视图,突显Shh中的Zn2+配位。显示果蝇Hh中与Shh Zn2+配位残基位置等效的 残基。颜色选择与小图C相同。图11显示与L2环对应的Hhipl序列的比对,显示15种脊椎动物物种的1型 Hhipl0突显的是唯一两个不相同位置中的残基。在比对的下面显示如图5B中描述的保守 性图。残基保守性是用ConSurf (consurf.tau.ac.il)生成的。图12显示Hhip-Shh复合物上的保守表面片小图A显示为Hhipl (图11中的15 种序列)和Shh (Swiss-Prot中的25种序列)测定的表面残基序列保守性,以深灰色(相 同的残基)至浅灰色(保守性最低的残基)的颜色梯度来图示。虚线椭圆形内的区域指高 度保守的片。小图B显示保守表面片含有高度酸性的区域。以正电荷浅灰色和负电荷深灰 色描绘表面静电势。虚线椭圆形内的区域指小图A中显示的高度保守片。残基保守性是用 ConSurf (consurf. tau. ac. il)生成白勺。

  图13显示Al型短指/趾突变体Ihh T154I在结合Ptchl和活化Hh信号传导两 方面受损。小图A显示Ihh T154I是比野生型Shh弱的结合Ptchl的竞争者。与所示蛋白 质一起预温育的Shh649 (InM)结合Ptchl表达细胞,清洗并通过FACS来分析。将两个独立稀 释系列的平均均值Shh649荧光强度(MFI)针对抑制剂浓度绘图,其中误差棒表示标准偏差。 Ihh和辛基-Ihh相似地抑制(各自的IC50值为1. 1和0. 64nM),而T154I和辛基-T154I的 抑制作用(IC5tl值分别为140nM和IOnM)受损。小图B显示S12 Gli萤光素酶测定法中Hh 信号传导的活化。使用辛基化Ihh野生型和T154I蛋白进行测定法。将浓度依赖性相对萤 光素酶单位(RLU)作为相对于每块板上作为100%的最大Ihh WT刺激进行标准化的四个独 立稀释系列的平均值士标准偏差绘图。所画的曲线参数方程,自其推导 Ihh和Ihh T154的EC5tl值分别为16和330nM。数据代表三项独立实验。图14显示单克隆抗体5Ε1与Hhipl012竞争Shh结合。小图A显示Shh上的5Ε1表 位与Hhip和Ptchl结合位点交叠。Shh的表面表象显示距Hhip 4,5入内的残基(浅灰色) 和突变改变Ptchl活性的残基(深灰色)。对于5Ε1结合至关重要的残基,即以星号(*) 标示的S177位于Shh与Hhip和Ptchl 二者相互作用的区域中。编号方式指人Shh (Fuse, N. et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA96 10992-10999 ;Pepinsky R. B. et al. (2000) J. Biol. Chem. 275 10995-11001)。小图 B 显示通过 ELISA 获得的生物素化 ShhN_Cys 与 5E1 之间对固定化Hhipl012的竞争性结合。所画的曲线参数方程,自其推导 IC5tl为23nM。小图C显示高浓度的Hhipl012 (这里显示520nM)和HhiplM2_Fc (数据未显 示)非特异性地结合293细胞(浅灰色棒),以不依赖Ptchl的方式募集Shh649 (15nM)。如 此,Hhipl012比Shh649过量35倍存在。此募集受到520nM 5Ε1的竞争(但是对照mlgGl不 然),证明5E1与Hhipl012竞争Shh649结合。黑色棒显示对Ptchl细胞的结合,供比较用。 数据是相对于在其它蛋白质缺失下Shh649对Ptchl细胞的结合(“对照”)进行标准化的两 项独立(一式两份和一式三份)实验的平均均值荧光强度和SD,与图15J方式相同。Shh649 和Hhipl012以比图15J中分别高45和10倍的浓度存在,以检测Shh649对Hhipl012的Ptchl 不依赖性结合。图15显示Hhip和Ptchl在Shh假活性位点沟处竞争性结合。小图A显示图4A 所示Hhip-Shh复合物的卡通表象。小图B显示Cdon第三FNIII结构域与Shh之间的复合 物的卡通表象(PDB登录号3D1M)。Shh的取向与小图A中Hhip-Shh复合物的相同。显示 Zn2+和Ca2+阳离子。小图C显示Shh上Hhip和Cdon的交叠结合位点。Shh的表面表象,及 距Hhip(阴影标示的灰色)和Cdon(细线A内的残基。虚线边界内的区 域指示Cdon足迹的边界,其与Hhip结合表面交叠。小图D显示Shh假活性位点处的五个 组氨酸残基接近Hhip L2环。Shh组氨酸残基作为棍显示,而氮原子标有深色阴影。在透明 表面中显示Hhip L2环,而且显示Zn2+阳离子。没有显示组氨酸35,因为Shh结构的固定 部分从L40开始。小图E显示Shh单独的(灰色)和在IOmM EDTA存在下的(黑色)13C, 1H-HSQC谱。显示组氨酸侧链的光谱区。小图F显示与小图E相同,只是存在2mM Hhip L2 肽来代替EDTA。小图G显示与小图E相同,只是存在2mM Ptchl L2样肽来代替EDTA。小 图H显示Hhip L2肽自Shh置换Ptchl L2样肽,指示它们竞争Shh (将2mM Hhip L2肽添 加至含有Shh和2mM Ptchl L2样肽的样品(黑色)导致自Shh置换Ptchl L2样肽,如通 过另一种谱的外观所显示的(比较小图G与小图H显示新点的存在),这指示Hhip L2肽结合Shh。小图I显示Hhip和Ptchl竞争Shh结合。将InM Shh649与各种蛋白质一起预温育 后,温育Ptchl表达细胞,清洗并通过FACS来分析。将两个独立稀释系列的平均均值Shh649 荧光强度(MFI)针对蛋白质浓度绘图,其中误差棒表示标准偏差。对照指带His-6标签的 HGF^蛋白。小图J显示Hhip对Shh结合Ptchl的竞争是特异性的。将Shh649(0. 33nM) 与56nM(170倍过量)HHipM2野生型或L2突变体蛋白质一起预温育,然后使5E1或对照结 合至Ptchl细胞(黑色)或293细胞(灰色),清洗并通过FACS来分析。在抑制剂缺失下 将Shh649对Ptchl细胞的结合标准化为100%,并将数据表述成相对于此信号的百分比(两 份独立一式两份的平均值及标准偏差)。对照和对照Fc分别指HGFii和IgGl同种型对照 Trastuzumab。数据代表至少三项独立实验。发明详述I.定义术语“Hhipl”、“Hhip”和“Hip”在本文中可互换使用。术语Hhipl012多肽”和Hhipl012衍生物”或Hip012指各种自缺少Hhipl的推定 卷曲结构域的全长Hhipl012 (SEQ ID NO 83)衍生的多肽。该术语涵盖本文中以SEQ ID NO 和名称限定的具体鉴定片段,诸如例如HhiplM2ECD (SEQ ID NO 12)、Hip01 (SEQ ID NO 13) 和Hip0 (SEQ ID N0:14)。另外,在该术语与规定氨基酸一起出现时(例如Hhipl 14-67), 这指参照全长Hhipl多肽(SEQ ID NO 2)具体指定的氨基酸。本文中描述的Hhipl M2多 肽可从多种来源分离,诸如人组织类型或其它来源,或者通过重组或合成方法制备。术 语Hhipl012S肽”指本文中公开的每一种个别的Hhipl012/数值多肽。本说明书中涉及 Hhipl012S肽衍生物”的所有公开内容指独自的以及共同的每一种多肽。例如,关于多 肽的制备、纯化、衍生、针对该多肽的抗体或激动剂的形成、针对该多肽的Hhipl012结合寡 肽或激动剂的形成、针对该多肽的Hhipl012结合有机分子或激动剂的形成、施用、含有该 多肽的组合物、用该多肽治疗疾病、等等的描述适用于本发明的具体的每一种多肽。术语 Hhipl012多肽变体”指本文中公开的Hhipl012S肽和衍生物的变体,包括。全长Hhipl多 肽的序列在SEQ ID NO 2中提供。全长Hhipl012多肽的序列作为SEQ ID NO 83提供。“天然序列Hhipl多肽”包括与衍生自自然界的相应Hhipl多肽具有相同氨基酸 序列的多肽。此类天然序列Hhipl多肽可从自然界分离,或者可通过重组或合成手段生成。 术语“天然序列Hhipl多肽”明确涵盖天然存在的截短或分泌形式的特定Hhipl多肽(例 如胞外结构域序列)、该多肽的天然存在变体形式(例如可变剪接形式)和天然存在的等位 变体。Hhipl多肽“胞外结构域”或“E⑶”指基本上不含推定GPI信号序列的Hhipl多肽 形式,该推定GPI信号序列在多肽经GPI连接锚定时被除去(在本文中缩写为Hhiplrai”)。 可以理解,为本发明Hhipl多肽鉴定的任何推定GPI信号序列是依照本领域常规用于鉴定 该种类型结构域的标准鉴定的。GPI信号序列的精确边界可以变化,但最有可能是本文中最 初鉴定的结构域任一末端不超过约5个氨基酸。在一个具体的例子中,Hhiplrai具有氨基酸 序列SEQ ID NO=Il0因此,任选的是,Hhipl多肽的胞外结构域可含有实施例或说明书中鉴 定的推定GPI信号序列结构域/胞外结构域边界任一侧的约5个或更少氨基酸,而且本发 明涵盖具有或没有相关信号肽的此类多肽及编码它们的核酸。类似地,HhiplM2Em指基本 上不含推定GPI信号序列的Hhipl012多肽(在本文中缩写为“HhiplM2Em”)。

  本说明书和/或附图中可能显示了本文中所公开的各种Hhipl多肽的“信号肽”、 “信号序列”、或“前导序列”(在本文中同义使用)的大致位置。然而,应当注意,信号肽的 C-末端边界可以变化,但最有可能的是本文中最初鉴定的信号肽C-末端边界任一侧不超 过约5个氨基酸,其中信号肽的C-末端边界可依照本领域常规用于鉴定该种类型氨基酸序 列元件的标准鉴定(例如 Nielsen et al. , Prot. Eng. 10 1-6 (1997) and von Heinje et al.,Nucl.Acids. Res. 14 =4683-4690 (1986)) 此外,还认识到,在有些情况中,从分泌多肽 上切除信号序列不是完全统一的,导致超过一种分泌种类。本发明设想了这些成熟多肽,其 中信号肽在本文中所鉴定的信号肽C-末端边界任一侧不超过约5个氨基酸内切除,及编码 它们的多核苷酸。Hhipl012多肽变体”意指与本文中所公开的全长天然序列Hhipl012多肽序列、 Hhipl012多肽的胞外结构域、或本文中所公开的全长Hhipl012多肽序列的任何其它片段 (诸如那些由只呈现全长Hhipl012多肽的完整编码序列一部分的核酸编码的片段)具有至 少约80%的氨基酸序列同一性的本文中所定义的Hhipl012多肽,优选活性Hhipl012多肽。 此类Hhipl e 12多肽变体包括例如其中全长天然氨基酸序列的N-或C-末端添加或删除一个 或多个氨基酸残基的Hhipl012多肽。通常,Hhipl012多肽变体与本文中所公开的全长天然序 列Hhipl012多肽序列、本文中所公开的Hhipl012多肽的胞外结构域或本文中所公开的全长 Hhipl多肽序列的任何其它特别限定片段具有至少约80%的氨基酸序列同一性,或者至少 约 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、 96%、97%、98%或99%的氨基酸序列同一性。通常,HhiplM2变体多肽的长度为至少约10 个氨基酸,或者长度为至少约 20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、 170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、 360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、 550、560、570、580、590、600个氨基酸或更多。任选的是,Hhipl012变体多肽与天然Hhipl012 多肽序列相比具有不超过一个保守氨基酸替代,或者与天然Hhipl012多肽序列相比具有不 超过2、3、4、5、6、7、8、9或10个保守氨基酸替代。关于本文中所鉴定的Hhipl多肽序列的“百分比(% )氨基酸序列同一性”定义 为对比序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后,且不将任何保守替代 视为序列同一性的一部分时,候选序列中与特定Hhipl多肽序列中的氨基酸残基相同的 氨基酸残基的百分率。可以本领域技术范围内的多种方式进行测定百分比氨基酸序列同 一性目的的序列对比,例如使用公众可得到的计算机软件,诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或 Megalign (DNASTAR)软件。本领域技术人员可决定测量对比的适宜参数,包括对所比较序列 全长获得最大对比所需的任何算法。然而,为了本发明,%氨基酸序列同一性值是使用序列 比较计算机程序ALIGN-2获得的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写,而 且源代码显示于美国专利No. 7,361,732且已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office, Washington D. C.,20559),并以美国版权注册号 TXU510087 注册。通过 述及将源代码收入本文。公众可通过Genentech公司(South San Francisco, California) 得到ALIGN-2程序,或者可从美国专利No. 7,361,732中提供的源代码编译。ALIGN2程序应 当编译成在UNIX操作系统,优选数码UNIX V4. OD上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2 程序设定且不变。

  在采用ALIGN-2用于氨基酸序列比较的情况中,给定氨基酸序列A相对于(to)、与 (with)、或针对(against)给定氨基酸序列B的%氨基酸序列同一性(或者可表述为具有 或包含相对于、与、或针对给定氨基酸序列B的某一%氨基酸序列同一性的给定氨基酸序 列A)如下计算分数X/Y 乘 100其中X是由序列对比程序ALIGN-2在该程序的A和B对比中评分为相同匹配的氨 基酸残基数,且其中Y是B中的氨基酸残基总数。可以领会,若氨基酸序列A的长度与氨基 酸序列B的长度不相等,则A相对于B的%氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的%氨 基酸序列同一性。作为使用这种方法的%氨基酸序列同一性计算的例子,表2和3演示了 如何计算指派为“比较蛋白质”的氨基酸序列相对于指派为Hhipl012”的氨基酸序列的% 氨基酸序列同一性,其中Hhipl012”代表感兴趣假设Hhipl012多肽的氨基酸序列,“比较蛋 白质”代表感兴趣Hhipl012 ”多肽针对其进行比较的多肽的氨基酸序列,而“X”、“Y”和“Z” 各自代表不同假设氨基酸残基。除非另有具体说明,本文中所使用的所有%氨基酸序列同 一性值都是依照上一段所述,使用ALIGN-2计算机程序获得的。Hhipl012变体多核苷酸”或Hhipl012变体核酸序列”意指编码本文中所定义的 Hhipl012多肽,优选活性Hhipl012多肽且与编码本文中所公开的全长天然序列Hhipl012多 肽序列、Hhipl012多肽的胞外结构域、或本文中所公开的全长Hhipl多肽序列的任何其它片 段(诸如那些由只呈现全长Hhipl多肽的完整编码序列一部分的核酸编码的片段)的核苷 酸序列具有至少约80%核酸序列同一性的核酸分子。通常,Hhipl012变体多核苷酸与编码 本文中所公开的全长Hhipl012多肽序列、Hhipl012多肽的胞外结构域、或本文中所公开的 全长Hhipl多肽序列的任何其它片段的核酸序列具有至少约80%的核酸序列同一性,或者 至少约 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、 95%、96%、97%、98%或99%的核酸序列同一性。此类变体涵盖HhiplΜ2变体。变体不涵 盖天然核苷酸序列。通常,Hhipl012变体多核苷酸的长度为至少约5个核苷酸,或者长度为至少约6、 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、 45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、 155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、 300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、 490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、 680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、 870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990 或 1000 个核苷酸,其中在此语 境中,术语“约”意指所述核苷酸序列长度加上或减去所述长度的10%。关于本文中所鉴定的Hhipl012编码核酸序列的“百分比(% )核酸序列同一性”定 义为对比序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后,候选序列中与感兴趣 Hhipl012核酸序列中的核苷酸相同的核苷酸的百分率。可以本领域技术范围内的多种方式 进行测定百分比核酸序列同一性目的的序列对比,例如使用公众可得到的计算机软件,诸 如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign (DNASTAR)软件。然而,为了本发明,%核酸序列同 一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2获得的,其中ALIGN-2程序的完整源代码如上所述。在采用ALIGN-2来比较核酸序列的情况中,给定核酸序列C相对于(to)、与 (with)、或针对(against)给定氨基酸序列D的%核酸序列同一性(或者可表述为具有或 包含相对于、与、或针对给定核酸序列D的某一%核酸序列同一性的给定核酸序列C)如下 计算分数W/Z 乘 100其中W是由序列对比程序ALIGN-2在该程序的C和D对比中评分为相同匹配的核 苷酸数,且其中Z是D中的核苷酸总数。可以领会,若核酸序列C的长度与核酸序列D的长 度不相等,则C相对于D的%核酸序列同一性将不等于D相对于C的%核酸序列同一性。 作为%核酸序列同一性计算的例子,表3和4演示了如何计算指派为“比较DNA”的核酸序 列相对于指派为Hhipl012-DNA”的核酸序列的%核酸序列同一性,其中Hhipl012-DNA”代 表感兴趣假设Hip编码核酸序列,“比较DNA”代表感兴趣Hhipl012-DNA”核酸分子针对其 进行比较的核酸分子的核苷酸序列,而“N”、“L”和“V”各自代表不同假设核苷酸。除非另 有具体说明,本文中所使用的所有%核酸序列同一性值都是依照上一段所述,使用ALIGN-2 计算机程序获得的。在其它实施方案中,Hhipl012变体多核苷酸是编码Hhipl012多肽且能够与编码本 文中所公开的全长Hhipl多肽的核苷酸序列杂交,优选在严格杂交和洗涤条件下杂交的核 酸分子。Hhipl012变体多肽可以是那些由Hhipl012变体多核苷酸编码的变体多肽。术语“全长编码区”在涉及编码Hhipl012S肽的核酸使用时指编码本发明全长 Hhipl012多肽的核苷酸序列(常常在附图中起始和终止密码子(含)之间显示)。“分离的”,在用于描述本文中所公开的各种多肽时,意指已经鉴定且与/由其天然 环境的一种成分分开和/或回收的多肽。其天然环境的污染性成分指通常会干扰该多肽 的诊断或治疗用途的物质,可包括酶、激素、和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在 优选的实施方案中,将多肽纯化至(1)足以通过使用转杯式测序仪获得至少15个残基的 N-末端或内部氨基酸序列的程度,或(2)根据使用考马斯蓝或优选银染色的非还原或还原 条件下的SDS-PAGE,达到同质。既然Hhipl012多肽天然环境的至少一种成分不会存在,那 么分离的多肽包括重组细胞内的原位多肽。然而,分离的多肽通常通过至少一个纯化步骤 来制备。“分离的Hhipl012多肽编码核酸或其它多肽编码核酸指已经鉴定且与该多肽编码 核酸的天然来源中通常与之相关的至少一种污染性核酸分子分开的核酸分子。分离的多肽 编码核酸分子不同于在自然界中发现它时的形式或背景。分离的多肽编码核酸分子因此与 存在于天然细胞中时的特定多肽编码核酸分子有区别。然而,分离的多肽编码核酸分子包 括通常表达该多肽的细胞中所包含的多肽编码核酸分子,例如当所述核酸分子在所述细胞 中的染色体定位不同于它在天然细胞中的染色体定位时。术语“控制序列”指在特定宿主生物体中表达可操作连接的编码序列所必需的DNA 序列。例如,适于原核生物的控制序列包括启动子、任选的操纵基因序列、和核糖体结合位 点。已知真核细胞利用启动子、多腺苷酸化信号、和增强子。若一条核酸与另一条核酸序列处于功能性相互关系中,则它是“可操作连接”的。 例如,若前序列(presequence)或分泌前导序列(secretory leader)的DNA表达成参与多肽分泌的前蛋白质(preprotein),则它与多肽的DNA可操作连接;若启动子或增强子影响 编码序列的转录,则它与该序列可操作连接;或者,若核糖体结合位点的位置促进翻译,则 它与编码序列可操作连接。通常,“可操作连接”意味着相连的DNA序列是相邻的,而且在分 泌前导的情况中意味着相邻且处于阅读状态。然而,增强子不必相邻。连接可通过在方便 的限制性位点处的连接反应来实现。如果没有此类位点,那么依照常规实践使用合成的寡 核苷酸衔接头或接头。杂交反应的“严格性”可以容易的由本领域普通技术人员确定,而且通常根据探针 长度、洗涤温度、和盐浓度凭经验计算。通常,较长的探针要求较高的温度以正确退火,而较 短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于低于其解链温度的环境中时变 性DNA重新退火的能力。探针和可杂交序列之间的期望同源性程度越高,可使用的相对温 度也越高。结果是,推断出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格,而较低温度也就较 不严格。关于杂交反应严格性的另外细节和解释,参见Ausubel et al. ,CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, Wiley Interscience Publishers, (1995)。“严格条件”或“高严格性条件”,如本文中所定义的,可如下鉴别(1)采用低离 子强度和高温进行洗涤,例如0. 015M氯化钠/0. 0015M柠檬酸钠/0. 十二烷基硫酸钠, 500C ; (2)在杂交过程中采用变性剂,诸如甲酰胺,例如50% (ν/ν)甲酰胺及0.1%牛血清 清蛋白/0. 1% Ficoll/0. 聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液pH 6. 5,含750mM氯化 钠,75mM柠檬酸钠,42°C ;或(3)在采用50%甲酰胺,5x SSC(0. 75M NaCl,0. 075M柠檬酸 钠),50mM磷酸钠(pH 6.8),0. 焦磷酸钠,5x Denhardt氏溶液,超声波处理的鲑鱼精 DNA(50yg/ml),0. SDSjP 10%硫酸右旋糖苷的溶液中于42°C杂交过夜,以及于42°C在 0. 2x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)中洗涤10分钟,接着在含EDTA的0. Ix SSC中于55°C进行 10分钟高严格性洗涤。“ 中等严格条件”可以如 Sambrook et al. , Molecular Cloning :A Laboratory Manual, New York : Co Id Spring Harbor Press,1989所述鉴别,包括使用比上文所述较不 严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度、离子强度和% SDS)。中等严格条件的一个例子是 于 37°C在含20% 甲酰胺,5x SSC(150mM NaCl,15mM 柠檬酸三钠),50mM 磷酸钠(pH 7.6), 5x Denhardt氏溶液,10%硫酸右旋糖苷,和20mg/ml变性剪切的鲑鱼精DNA的溶液中温育 过夜,接着在IxSSC中于约37-50°C洗涤滤膜。技术人员将认识到如何根据需要调整温度、 离子强度等以适应诸如探针长度等因素。术语“表位标记的”在用于本文时指包含与“标签多肽”融合的Hhipl012多肽或抗 Hhipl012抗体的嵌合多肽。标签多肽具有足够残基以提供表位而可制备针对其的抗体,但 又足够短使得其不干扰与其融合的多肽的活性。标签多肽优选还是相当独特的,使得所述 抗体基本上不与其它表位发生交叉反应。合适的标签多肽通常具有至少6个氨基酸残基且 通常在约8个到约50个氨基酸残基之间(优选在约10个到约20个氨基酸残基之间)。“有活性的”或“活性”为了本发明指保留天然或天然存在Hhipl的生物学和/或免 疫学活性的Hhipl012多肽形式,其中“生物学”活性指天然或天然存在Hhipl的,诱导针对 天然或天然存在Hhipl所具有的抗原性表位的抗体生成的能力以外的生物学功能,而“免 疫学”活性指诱导针对天然或天然存在Hip所具有的抗原性表位的抗体生成的能力。术语“拮抗剂”以最广义使用,包括部分或完全阻断、抑制、或中和本文中所公开的天然Hhipl多肽的生物学活性的任何分子。类似的,术语“激动剂”以最广义使用,包括模 拟本文中所公开的天然Hhipl多肽的生物学活性的任何分子。合适的激动剂或拮抗剂分子 明确包括激动性或拮抗性抗体或抗体片段、天然Hhipl多肽的片段或氨基酸序列变体、肽、 反义寡核苷酸、有机小分子等。用于鉴定Hhipl多肽的激动剂或拮抗剂分子的方法可包括 使Hhipl多肽接触候选激动剂或拮抗剂分子并测量通常与Hhipl多肽有关的一种或多种生 物学活性的可检测变化。“处理”或“治疗”或“缓和”指治疗性处理及预防性或防范性措施二者,其中目标 是预防或减缓(减轻)所针对的病理学状况或病症。需要治疗的受试者包括早就患有病 症的受试者以及倾向于患上病症的受试者或要预防病症的受试者。例如,如果在依照本发 明的方法接受治疗量的Hhipl012寡肽或Hhipl012免疫粘附素后,患者在如下一项或多项中 显示出可观察和/或可测量的降低或消失,那么受试者或哺乳动物成功“治疗” 了癌症癌 细胞数减少或癌细胞消失;肿瘤体积缩小;癌细胞浸润到周围器官中,包括癌传播到软组 织和骨中受到抑制(即一定程度的减缓,优选停止);肿瘤转移受到抑制(即一定程度的减 缓,优选停止);肿瘤生长受到一定程度的抑制;Hedgehog信号传导受到抑制;和/或与特 定癌症有关的一种或多种症状得到一定程度的减轻;发病率和死亡率降低;及生命质量提 高。就抗Hhipl012抗体或Hhipl012寡肽可预防癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞而言,它 可能是抑制细胞的和/或毒害细胞的。这些体征或症状的减轻还可以由患者感受到。用于评估疾病的成功治疗和改善的上述参数可以容易地通过内科医师所熟悉的 常规流程来测量。对于癌症治疗,可通过例如评估距疾病进展的时间(time to disease progression, TTP)和/或测定响应速率(response rate, RR)来测量功效。转移可通过分 期测试(staging test)来测定,及通过骨扫描及钙水平和其它酶的测试以测定是否传播到 骨。还可进行CT扫描以查明是否传播到骨盆及该区域中的淋巴结。分别使用胸腔X射线 和通过已知方法进行的肝酶水平测量来分别查明是否转移到肺和肝。用于监测疾病的其它 常规方法包括经直肠超声检查(TRUS)和经直肠针吸活组织检查(TRNB)。对于膀胱癌,一种更加局部化的癌症,测定疾病进展的方法包括通过膀胱镜检 术进行的尿细胞学评估、监测尿液中血的存在情况、通过超声波检查术显现尿路上皮道 (urothelial tract)或静脉注射肾盂造影照片(intravenous pyelogram)、计算机断层摄 影术(computed tomography) (CT)禾口磁共振成像(magnetic resonance imaging) (MRI)。 远程转移的存在情况可通过腹部CT、胸腔X射线或骨骼放射性核素成像来评估。“长期”施用指以与短期模式相反的连续模式施用药剂,从而将初始治疗效果(活 性)维持较长的一段时间。“间歇”施用指并非连续不间断进行的处理,而是本质上是循环 的处理。对于癌症的治疗、减轻症状、或诊断而言,“哺乳动物”指归入哺乳类的任何动物, 包括人、家畜和牲畜,及动物园、运动或宠物动物,诸如犬、猫、牛、马、绵羊、猪、山羊、兔等。 优选的是,哺乳动物指人。“联合”一种或多种其它治疗剂的施用包括同时(共同)施用和任意次序的连续施用。“载体”在用于本文时包括药学可接受的载体、赋形剂或稳定剂,它们在所采用的 剂量和浓度对暴露于其的细胞或哺乳动物是无毒的。通常,生理学可接受的载体是PH缓冲水溶液。生理学可接受载体的来自包括缓冲剂,诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸盐的缓 冲剂;抗氧化剂,包括抗坏血酸;低分子量(少于约10个残基)多肽;蛋白质,诸如血清清蛋 白、明胶或免疫球蛋白;亲水性聚合物,诸如聚乙烯吡咯烷酮;氨基酸,诸如甘氨酸、谷氨酰 胺、天冬酰胺、精氨酸或赖氨酸;单糖、二糖和其它碳水化合物,包括葡萄糖、甘露糖或糊精; 螯合剂,诸如EDTA ;糖醇,诸如甘露醇或山梨醇;成盐相反离子,诸如钠;和/或非离子表面 活性剂,诸如TWEEN 、聚乙二醇(PEG)和PLURONICS⑧。“固相”或“固体支持物”意指本发明的抗体、Hhipl012寡肽或HhiplM2L2模拟有机 分子可粘着或附着其上的非水性基质。本文中所涵盖的固相的例子包括那些部分或完全由 玻璃(例如可控孔径玻璃)、多糖(例如琼脂糖)、聚丙烯酰胺、聚苯乙烯、聚乙烯醇和聚硅 氧烷(silicone)制成的固相。在某些实施方案中,根据语境,固相可包括测定板的孔;在其 它实施方案中,它指纯化柱(例如亲和层析柱)。此术语还包括离散颗粒的不连续固相,诸 如美国专利No. 4,275,149中所述。“脂质体”指由各种类型脂质、磷脂和/或表面活性剂构成的,可用于对哺乳动物递 送药物(诸如Hhipl012多肽、针对其的抗体或Hhipl012寡肽)的小囊泡。与生物膜的脂质 排列相似,脂质体的成分通常排列成双层形式。“小”分子或有机“小”分子在本文中定义为分子量小于约500道尔顿。本文中所公开的多肽、抗体、Hhipl012寡肽、Hip模拟有机分子、或其激动剂或拮抗 剂的“有效量”指足以实现明确规定的目的的量。“有效量”可凭经验且以常规方式,联系所 述的目的来确定。术语“治疗有效量”指在受试者或哺乳动物中有效“治疗”疾病或病症的抗体、多 肽、Hhipl012寡肽、Hhipl012 L2模拟有机分子或其它药物的量。在癌症的情况中,药物的 治疗有效量可减少癌细胞数;缩小肿瘤体积;抑制(即一定程度的减缓,优选停止)癌细胞 浸润到周围器官中;抑制(即一定程度的减缓,优选停止)肿瘤转移;一定程度的抑制肿瘤 生长;Hedgehog信号传导受到抑制;和/或一定程度的减轻与癌症有关的一种或多种症状。 参见本文中“治疗”的定义。就药物可预防现存癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度 而言,它可以是抑制细胞的和/或毒害细胞的。抗Hhipl012抗体、Hhipl012多肽、Hhipl012寡肽或Hhipl012 L2模拟有机分子的“生 长抑制量”指能够在体外或在体内抑制细胞,尤其是肿瘤,例如癌细胞生长的量。抗Hhipl012 抗体、Hhipl多肽、Hhipl结合寡肽或Hhipl结合有机分子为了抑制肿瘤性细胞生长的“生 长抑制量”可凭经验且以常规方式来确定。抗Hhipl012抗体、Hhipl012多肽、Hhipl012寡肽或Hhipl012 L2模拟有机分子的“细 胞毒性量”指能够在体外或在体内引起细胞,尤其是肿瘤,例如癌细胞破坏的量。抗Hhipl012 抗体、Hhipl012多肽、Hhipl012寡肽或Hhipl012 L2模拟有机分子为了抑制肿瘤性细胞生长 的“细胞毒性量”可凭经验且以常规方式来确定。术语“抗体”以最广义使用,明确覆盖例如单一抗Hhipl012单克隆抗体(包括激动 性、拮抗性和中和性抗体)、具有多表位特异性的抗Hhipl012抗体组合物、多克隆抗体、单链 抗Hhipl e 12抗体、及抗Hhipl e 12抗体的片段(见下文),只要它们展现出期望生物学或免疫 学活性。术语“免疫球蛋白”(Ig)在本文中与抗体可互换使用。“分离的”抗体指已经鉴定且与/由其天然环境的一种成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分指会干扰该抗体的诊断或治疗用途的物质,可包括酶、激素、 和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在优选的实施方案中,将抗体纯化至(1)根据 Lowry方法的测定,抗体重量超过95%,最优选重量超过99%,(2)足以通过使用转杯式测 序仪获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度,或(3)根据使用考马斯蓝或 优选银染色的还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE,达到同质。既然抗体天然环境的至少 一种成分不会存在,那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而,分离的抗体通常通 过至少一个纯化步骤来制备。基本的4链抗体单元是由两条相同的轻链(L)和两条相同的重链(H)构成的异四 聚体糖蛋白(IgM抗体由5个基本的异四聚体单元及称作J链的另外多肽组成,因此包含10 个抗原结合位点;而分泌型IgA抗体可聚合形成包含2-5个基本的4链单元及J链的多价 装配物)。在IgG的情况中,4链单元通常是约150,000道尔顿。每条轻链通过一个共价二 硫键与重链相连,而两条重链通过一个或多个二硫键彼此相连,二硫键的数目取决于重链 的同种型。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫键。每条重链在N-末端具有一个 可变区(Vh),接着是三个(对于α和Y链)或四个(对于μ和ε同种型)恒定区(Ch)。 每条轻链在N-末端具有一个可变区(VJ,接着是其另一端的一个恒定区(CJ。\与¥11排列 在一起,而Q与重链的第一恒定区(ChI)排列在一起。认为特定的氨基酸残基在轻链和重 链可变区之间形成界面。成对的一个Vh和一个\ 一起形成一个抗原结合位点。关于不同 类别抗体的结构和性质,参见例如 BASIC AND CLINICAL IMMUNOLOGY, 8th edition,Daniel P. Stites, Abba I.Terr and Tristram G. Parslow(eds. ), Appleton&Lange, Norwalk, CT, 1994, page 71 and Chapter 6。来自任何脊椎动物物种的轻链,根据其恒定区氨基酸序列,可归入两种截然不同 类型中的一种,称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。根据其重链(Ch)恒定区氨基酸序列,免疫球 蛋白可归入不同的类别或同种型。有五类免疫球蛋白IgA、IgD、IgE、IgG和IgM,分别具有 称作α、δ、ε、Υ和μ的重链。根据Ch序列和功能的较小差异,、和α类可进一步分 为亚类,例如人类表达下列亚类=IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2。术语“可变的”指可变区中的某些区段在抗体序列中差异广泛的实情。V结构域 介导抗原结合并限定特定抗体对其特定抗原的特异性。然而,变异性并非均勻分布于可变 区跨越的110个氨基酸。事实上,V区由15-30个氨基酸,称作框架区(KR)的相对不变异 的区段及将框架区分开的每个长度为9-12个氨基酸,称作“高变区”的极度变异的较短区 域构成。天然重链和轻链的可变区各自包含四个FR,它们大多采取β-折叠构象,通过形 成环状连接且在有些情况中形成β-折叠结构一部分的三个高变区连接。每条链中的高变 区通过FR非常接近的保持在一起,并与另一条链的高变区一起促成抗体的抗原结合位点 的形成(参见 Kabat et al.,SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5th Ed. Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD. (1991)) 。’g 定区不直接参与抗体与抗原的结合,但展现出多种效应器功能,诸如抗体依赖性细胞介导 的细胞毒性(ADCC)中抗体的参与。术语“高变区”在用于本文时指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区一般包 含来自“互补决定区”或“CDR”的氨基酸残基(例如\中的残基24-34 (Li)、50-56 (L2)和 89-97 (L3)附近及 Vh* 的残基 31-35B(H1)、50-65(H2)和 95-102 (H3)附近;Kabat et al.,

  26SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991))和 / 或那些来自“高变环”的 残基(例如 Vl 中的残基 26-32(Ll)、50-52(L2)和 91-96 (L3)及 Vh 中的残基 26-32 (Hl)、 53-55 (H2)和 96-101(H3) ;Chothia and Lesk(1987)J. Mol. Biol. 196 :901_917)。术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体,即构成 群体的各个抗体相同,除了可能以极小量存在的可能的天然存在突变外。单克隆抗体是高 度特异的,针对单一抗原性位点。另外,与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的 多克隆抗体制备物不同,每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。除了它们的特异性,单 克隆抗体的优越性体现在它们在合成时可未受到其它抗体的污染。修饰语“单克隆”不能 解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如,可用于本发明的单克隆抗体可通过最初 由Kohler and Milstein (1975) Nature 256 :495描述的杂交瘤方法来制备,或者可通过重 组DNA方法在细菌、真核动物或植物细胞中制备(参见例如美国专利No. 4,816,567)。“单 克隆抗体”还可使用例如 Clackson et al.,(1991) Nature 352 :624_628 及 Marks et al., (1991) J. Mol. Biol.,222 =581-597中描述的技术从噬菌体抗体库分离。单克隆抗体在本文中包括“嵌合”抗体,以及此类抗体的片段,其中重链和/或轻 链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同 源,而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相 同或同源,只要它们展现出期望生物学活性(参见美国专利No. 4,816,567及Morrison et al.,(1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6851_6855)。本文中感兴趣的嵌合抗体包括包含 衍生自非人灵长类动物(如旧大陆猴类(Old World Monkey)、猿等)的可变区抗原结合序 列和人恒定区序列的“灵长类化(primatized) ”抗体。“完整抗体”指包含抗原结合位点以及Q和至少重链恒定区CH1、Ch2和Ch3的抗 体。恒定区可以是天然序列恒定区(例如人天然序列恒定区)或其氨基酸序列变体。优选 的是,完整抗体具有一项或多项效应器功能。“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选完整抗体的抗原结合区或可变区。抗体 片段的例子包括Fab、Fab、F(ab )2和Fv片段;双抗体(diabody);线性抗体(参见美 国专利 No. 5,641,87。