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　　蛋白质组学研究中常用的网站和数据库蛋白质,数据 库,研究本帖引用网址：一、蛋白质数据库1.UniProt(TheUniversal ProteinResource)网址：简介：由EBI(欧洲生物信息研究 所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而 成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、 结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三 级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构 数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。 2.PIR(ProteinInformationResource)网址： 简介：致力于提供及时的、高质量、 最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、 PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功 能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应 用。3.BRENDA(enzymedatabase)网址：简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反 应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造 及相关疾病的数据。UM(collectionofexperimentally verifiedmammalianproteincomplexes)网址： 简介：哺乳动物 蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、 功能、相关文献等5.CyBase(cyclicproteindatabase)网址： 简介：环状蛋白数据库， 提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。 6.DB-PABP网址：简介：聚阴 离子结合蛋白数据库。聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在 胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用，此外 许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。该 数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据，与NCBI蛋白 数据库存在交叉应用。7.IUPHAR-DB网址：简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋 白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多 样性等数据。8.GLIDA网址：简介：G蛋白偶联受体-配体数据库，提供 G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数 据、同源受体关系网、保守识别区，为新药发现提供了支持。 9.LOCATE网址：简介：哺乳动物 蛋白质亚细胞定位数据库erPro网址： 简介：蛋白质综合数据库，从大 量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功 能位点等信息的数据库。11.OKCAM网址： 简介：人体细胞粘附分子数据库。 二、蛋白质组数据库1.GELBANK网址：简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组 信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质 量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。2.SWISS-2DPAGE 网址： 简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、 酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。 3.SysPIMP(SystematicalPlatformforIdentifyingMutatedProteins) 网址：简介：通过质谱技术建立的蛋白 质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱 图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关 的突变。4.Sys-BodyFluid网址： 简介：人体体液蛋白组研究 数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据，包括血浆/血清、 尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。 5.BloodExpress网址：简介：小鼠造血过程基因表达数据库6.CentrosomeDB(human centrosomalproteinsdatabase)网址： 简介：人体中心体蛋白数据库 7.ConsensusPathDB网址：简介：人 类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉应用，提供蛋白 质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。8.Proteome AnalysisDatabase网址：简介： 蛋白质组分析数据库10.HPRD(HumanProteinReferenceDatabase) 网址：简介：人体蛋白文献数据库 11.NOPdb网址：简介： 核仁蛋白组数据库12.EndoNet网址： 简介：细胞通讯网 络数据库，提供激素、激素受体相关信息三、蛋白质互作、蛋 白质网络数据库1.3DID(3Dinteracting domains) 网址： 简 介：搜集3D 结构已知的蛋白质的互作信息，可通过结构域名称、 基序名称、蛋白质序列、GO 编码、PDB ID、Pfam 编码进行检索。 2.DOMINE 网址：简介：结构域互作 数据库。3.PiSite(Database of Protein interaction sites) 网址： 简介：以PDB 为基础，在蛋白质序列中搜寻 互 作 位 点 。 4.Binding MOAD 网 址 ： 简介：致力于提供蛋白质-配体晶 体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体，并附有 详细注释，同时提供由实验而得的亲和力数据。5.Phospho.ELM 网址：简介：蛋白质磷酸化位点数据 库 6.SuperSite 网址：简介：蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库，提供结合机制、 识别机制、保守结合位点等信息。 7.STITCH 网址： 简介：蛋白质- 化合物作用网数据库 8.Reactome 网址：简介：人体生命活 动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的 蛋白质分子有详细注解，与其他数据库如 UniPort 、KEGG、 OMIM 等建立了广泛的交叉应用。9.PID(Pathway Interaction Database) 网址：简介：由NCI 和Nature 共同创立，提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细 胞生命过的蛋白质路径网，可通过输入某个分子名或代谢过程 名称进行查询。10.UniHI(Unified Human Interactome database) 网址： 简介：人体蛋白-蛋白相互作用数据库，可 根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。11.VirHostNet 网址： 简介：病毒-宿 主分子互作网数据库，提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋 白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进 行查询。12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism) 网址：简介：搜集 与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据，包括蛋白质序列、 结构域、结构；基因序列、调控元件、转录单元等信息。除此 之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等。 13.PMAP 网址：简介：蛋白质水解 路径数据库四、蛋白质三维结构数据库 1.PDB(Protein Data Bank) 网址：简介：生物大分子结构数据库， 提供蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构数据、序列详细信 息、生化性质等。2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation) 网 址 ： 简介：高效的蛋白质结构比对数据 库五、蛋白质基序数据库 1. CDD(Conserved Domain Database) 网址：简介： 蛋白质的功能与其结构密切相关，一个蛋白质的保守结构域在 一定程度上体现了该蛋白质的功能。CDD，蛋白质保守结构域 数据库，收集了大量保守结构域序列信息和蛋白质序列信息。 检索者通过CD-Search 服务，可获得蛋白质序列中所含的保守结 构域信息，从而分析、预测该蛋白质的功能。 2.Blocks 网址： 简介：蛋白家族保守区对比数据库 3.CPDB(database of circular permutation in proteins) 网址： 简介：蛋白质环形序列重组基 序数据库。蛋白质的环形序列重组(Circular permutation, or CP)可 看作是原来的 N 与 C 端被接在一起，然后在另一处产生新开口。 虽然当前已有很多知名的蛋白质家族被发现有CP 成员，而且也 有研究指出蛋白质结构资料库中可能存在着不少CP 实例，高效 率的 CP 搜寻工具却很罕见。CPSARST 提供了一套有效的 CP 搜 寻 工 具 。aMotifbase 网 址 ： 简介：蛋白质 基序家族、超家族数据库，提供已知基序的3D 定位图、转角距 等数据。5.Minimotif Miner 网址：简介：蛋白质基序检测数据库，提供在蛋白质序列中寻找基序 的服务。6.Pfam 网址：简介：提供多序列比对服务和并提供共同的蛋白质结构域的隐 马尔可夫模型。 六、预测类数据库 1.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure) 网 址 ： 简介：提供通过 三级结构预测蛋白质相互作用的服务，可输入两个蛋白质的序 列信息进行查询。2.Predictome 网址：简介：预测蛋白质间功能关系的数据库。这些蛋白质间的关系 是基于将 3 种计算机预测法，即染色体相邻法、系统发育谱法、 结构域融合法应用与 44 个基因组上而得到的。参考文献： Nucleic Acids Research, 2009, Vol. 37, Database issueNucleic Acids Research, 2008, Vol. 36, Database issue Ps： 《Nucleic Acids Research》每年第一期是分子生物学数据库专刊， 综 述 当 前的 分 子 生物 学 在线 数 据库 。 期 刊主 页 ：