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　　提示符），可以用来输入Ｐyｍｏｌ命令；在ＩnerｎaｌGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作.ExterｎalGＵＩ则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮.请注意,标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExtｅｒnａｌGＵＩ中完成,并且必须使用“Cｔrl＋C、Ctrｌ+X以及Ctｒl＋Ｖ”来完成,这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法:1.在ＥｘtｅｒnalGUI中选择Fiｌｅ—Opｅｎ2.使用命令行：loaｄ〈〉例如我们现在从上下载了一个离子通道蛋白的pdｂ文件(PＥNTＡＭERICＬIGＡＮDGATＥDIONCＨＡＮNＥLFROＭEＲWINIACＨRYＳANTHEＭＩ)，名字为２vｌ0。ｐdb，然后用ｐｙｍｏl打开它： ｌoａｄ2vl０ 该蛋白质的结构就被显示出来啦,如下图： HYPERLINK 基本的图像操作： 是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿,那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的,而Ｐｙｍol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Vｉｅwer窗口里面的,当然看起来就很乱了.这时候就需要我们对这个图像进行一些操作,来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图.ﻫ先说说鼠标吧。  任意旋转图像:对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标.  放大/缩小图像: 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标:向上是缩小，向下则是放大.  移动图像:对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。  设定图像旋转中心: Ctrｌ＋Shift+鼠标中键或滚轮.  移动剪切平面：Shｉｆt＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的)；鼠标左右移动:调整后剪切平面(离你远的）。 最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解,需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pyｍoｌ的这项设定其实很方便。ﻫ HYPERLINK 今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用ｃａrｔoｏn的形式显示了上面的那个蛋白质,不过还比较难看.。．ﻫ HYPERLINK ｍol学习笔记（三）：基础Pymｏl命令 这里主要介绍一下Pｙｍｏl的一些基本命令操作.就像Linuｘ一样，要想更好的操作Ｐymｏｌ，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Ｐｙｍol是区分大小写的，不过目前为止Pｙｍol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。 当你开始用Ｐｙmｏl来完成一个项目时，你也许想会让Ｐymｏl自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个ｌｏｇ文件来达到，该文件的后缀名应为．ｐmｌ,记住,Pymoｌ像Lｉnuｘ一样支持Tab键命令补全： Pｙmol〉 log_openlog- 如果你想终止记录，只需要键入： Ｐyｍol〉ｌog_ｃｌoｓｅ 好了,现在载入pｄb文件（继续前用的pdb文件): Ｐyｍoｌ＞ ｌｏａd 2vｌｏ。pdb 现在Pｙmol就创建了一个叫2vｌｏ的对象，你可以在内部GＵI窗口里面看见这个项目的名字.但是你也可以自己定义该项目的名字（如ｔest)： Pｙmｏl＞ ｌｏaｄ 2ｖｌo。ｐdb， teｓt 下面说说如何来操作你新建的对象。ﻫ首先： Ｐymol＞ ｓhｏwrepreｓentation Ｐｙｍol